In Pokémon Rubino Omega e Pokémon Zaffiro Alpha avremo la possibilità di creare una nostra base segreta e di personalizzarla secondo i nostri gusti. Potremo anche renderla una palestra volendo, preparando labirinti e trappole per gli amici che ci verranno a trovare e stabilendo regole speciali per le lotte. 
Grazie alla funzione StreetPass di Nintendo 3DS e 2DS potremo condividere facilmente i dati della nostra base con tutti i giocatori del mondo oppure avremo la possibilità di creare un QR Code per permettere ai nostri amici di raggiungerci con facilità. Invitando gli altri giocatori come amici segreti inoltre sarà possibile utilizzare alcuni dei loro speciali talenti: fornire nuove decorazioni, far schiudere le Uova più velocemente, far salire di livello un Pokémon…Nelle basi degli altri allenatori, infine, avremo anche la possibilità di raccogliere delle bandiere ( collocate vicino al PC segreto ), salire di livello e ottenere così varie ricompense.