Dopo l’uscita di The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D i vecchi giocatori si sono divertiti a verificare se i bug presenti sul titolo originale per Nintendo 64 fossero stati riprodotti o cancellati dai programmatori di Grezzo. Sebbene alcuni siano stati tolti, nel gioco se ne riscontrano di nuovi tra i quali permettere a Link bambino di maneggiare la Master Sword. Ecco le dichiarazioni degli sviluppatori in merito ai bug:“All’interno del nostro team è sorto un conflitto nel momento in cui dovevamo scegliere se togliere o mantenere i bug del gioco originale, in particolare i membri dello staff che avevano giocato il titolo su Nintendo 64 erano propensi a lasciarli poichè ritenevano che sarebbe stato divertente per i giocatori poterli mostrare agli amici stupendoli. Così li abbiamo lasciati visto che in se non causavano problemi al gioco e nemmeno benefici, infatti se qualcosa semplicemente non poteva essere permessa abbiamo, a malincuore, effettuato il fix. Quindi alcuni bug non compaiono, ma abbiamo lasciato tutti quelli che potevamo per far divertire la gente.”