E’ stato rivelato che nel porting di Metal Gear Solid: Snake Eater 3D sarà presente un personaggio particolare: Yoshi apparirà di tanto in tanto nella giungla e trovare tutti i posti in cui è presente sbloccherà un oggetto segreto nel gioco. Una cosa simile era già successa con il remake per Gamecube del primo capitolo della serie Metal Gear Solid: The Twin Snakes in cui erano presenti due bambole nintendose raffiguranti Mario e Yoshi.